viernes, 22 de junio de 2012

Instalación de knitr, ggplot2 y tikzDevice

Estos días estoy instalando el paquete knitr en algunos ordenadores con Ubuntu 12.04 y con Windows. Voy a explicar los pequeños problemas que he tenido para que la próxima instalación sea más rápida.

Instalación de knitr en Ubuntu 12.04

En una instalación desde cero de Ubuntu es preciso (!!!) instalar algunos paquetes antes de que nos lo exija R.

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libxml2-dev

Con esto no tendremos problemas para instalar los paquetes XML y RCurl de R.

Seguramente nos gustará también instalar, entre otros, el paquete gráfico ggplot2 que, a su vez, requiere otros paquetes como quantreg. Pues bien, éste último se resiste a la instalación a no ser que tengamos los siguientes paquetes de Ubuntu:

sudo apt-get install liblapack-dev libblas-dev


Bueno, pero aquí no acaba la cosa. Resulta que si el objetivo es instalar knitr en Ubuntu, veremos con algo de indignación que knitr tiene unas dependencias que no se descargan directamente del CRAN. En concreto los paquetes parser y highlight. Pues bien, si este es tu caso habrá que ir a buscarlos directamente:

http://cran.r-project.org/web/packages/parser/index.html
http://cran.r-project.org/web/packages/highlight/index.html

e instalarlos en una terminal con R CMD INSTALL ...


Instalación de tikz en MikTeX para Windows

Si queremos utilizar los gráficos tikz con el paquete tikzDevice de R, necesitaremos algunos paquetes de LaTeX. En concreto son pgf y preview. Sin embargo, esos paquetes no vienen en la instalación de MikTeX para Windows por defecto y hay que instalarlos manualmente con el MikTeX Package Manager.

1 comentario:

  1. Además, si necesitas los paquetes Cairo y cairoDevice de R, tendrás que instalar los paquetes libcairo2-dev y libgtk2.0-dev de Ubuntu:

    sudo apt-get install libcairo2-dev libgtk2.0-dev

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