De R a HTML: el paquete hwriter

Three iris flowers

Para completar un informe como resultado de un análisis estadístico o bioinformático es muy importante la combinación de datos e hipervínculos en un documento HTML. Existen ya varias herramientas para exportar datos de R a documentos HTML. Por ejemplo, el paquete R2HTML es capaz de traducir una buena colección de objetos de R a HTML, pero con él no resulta nada fácil combinarlos en una presentación estructurada. Por otra parte, el paquete xtable puede traducir matrices de R de forma sencilla, pero tampoco puede combinar varios elementos de HTML y tiene un conjunto muy limitado de instrucciones de formato.
Sin embargo, el paquete hwriter de Gregoire Pau y Wolfgang Huber permite traducir diversos objetos de R a HTML y combinarlos en un documento con un cierto diseño y formato.

Este paquete utiliza la función hwriter que permite escribir un objeto en un documento HTML, al mismo tiempo que le añadimos algún formato o un hipervínculo. Pero la clave es que si existe una conexión abierta hacia un documento HTML ya creado, entonces las instrucciones HTML se añaden a dicho documento.

El siguiente código escribe una sencilla página con un título y una tabla:

> library(hwriter)
> hwriter("Three iris flowers", "iris.html", heading=1)
> p <- openPage("iris.html")
> himg <- hwriteImage(c("iris1.jpg","iris2.jpg","iris3.jpg"),
+ link=c("http://en.wikipedia.org/wiki/Iris_virginica",
+ "http://en.wikipedia.org/wiki/Iris_versicolor",
+ "http://en.wikipedia.org/wiki/Iris_virginica"), table=FALSE)
> mat <- rbind(himg, c("Setosa","Versicolor","Virginica"))
> rownames(mat) <- c("Image", "Species")
> hwrite(mat, p, br=TRUE, center=TRUE,
+ row.bgcolor=list(Species=c("#ffaacc", "#ff88aa", "#ff6688")),
+ col.bgcolor="#ffffaa", row.style=list(Species="text-align:center"))
> closePage("iris.html")

Observemos que la función es capaz de escribir una mezcla de imágenes y datos en una tabla, junto con hipervínculos, en la conexión abierta p.

Podemos saber más de este paquete en el artículo de RJournal_2009-1.

También podemos ver en acción todas las funciones y sus parámetros en una página de ejemplo que se muestra con la instrucción

> example(hwriter)