Instalación de knitr, ggplot2 y tikzDevice

Estos días estoy instalando el paquete knitr en algunos ordenadores con Ubuntu 12.04 y con Windows. Voy a explicar los pequeños problemas que he tenido para que la próxima instalación sea más rápida.

Instalación de knitr en Ubuntu 12.04

En una instalación desde cero de Ubuntu es preciso (!!!) instalar algunos paquetes antes de que nos lo exija R.

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libxml2-dev

Con esto no tendremos problemas para instalar los paquetes XML y RCurl de R.

Seguramente nos gustará también instalar, entre otros, el paquete gráfico ggplot2 que, a su vez, requiere otros paquetes como quantreg. Pues bien, éste último se resiste a la instalación a no ser que tengamos los siguientes paquetes de Ubuntu:

sudo apt-get install liblapack-dev libblas-dev

Bueno, pero aquí no acaba la cosa. Resulta que si el objetivo es instalar knitr en Ubuntu, veremos con algo de indignación que knitr tiene unas dependencias que no se descargan directamente del CRAN. En concreto los paquetes parser y highlight. Pues bien, si este es tu caso habrá que ir a buscarlos directamente:

http://cran.r-project.org/web/packages/parser/index.html
http://cran.r-project.org/web/packages/highlight/index.html

e instalarlos en una terminal con R CMD INSTALL ...


Instalación de tikz en MikTeX para Windows

Si queremos utilizar los gráficos tikz con el paquete tikzDevice de R, necesitaremos algunos paquetes de LaTeX. En concreto son pgf y preview. Sin embargo, esos paquetes no vienen en la instalación de MikTeX para Windows por defecto y hay que instalarlos manualmente con el MikTeX Package Manager.

LaTeX y R para Windows en un disco extraíble

Con motivo de las III Jornadas de Enseñanza y Aprendizaje de la Estadística y la Investigación Operativa que organiza el GENAEIO (Grupo de trabajo de la SEIO) los días 28 y 29 de junio en Pamplona, me han invitado a impartir un taller de R que se titula:

La interacción entre LaTeX y R: utilización de Sweave y knitr

Como se trata de un taller y no una aséptica conferencia, necesitamos algún manual, material de ejemplos y, en especial, los programas y paquetes mencionados.
El aula de informática donde se impartirá el taller consta de ordenadores con sistema operativo Windows, aunque es posible que los participantes traigan su propio portátil. Parece que la instalación en el aula de los programas y, sobre todo, que funcionen conjuntamente es un problema importante en tiempos de exámenes, de forma que hemos decidido crear una instalación que funcione desde un disco extraíble.

El archivo LaTeX_y_R-2.15.1.zip (20 de julio de 2012) contiene los siguientes programas:

• USBTeX-1.7
• MikTeX 2.9
• Texmaker 3.4 (actualizado)
• SumatraPDF 2.1.1 (actualizado)

•  R-2.15.1

• RStudio 0.96.316

¡Atención! Si alguno de estos programas está ya instalado en el propio ordenador, pueden haber conflictos.

En primer lugar hay que bajar dicho archivo y descomprimirlo, conservando todas las carpetas por defecto, en una unidad extraíble, ya sea USB o disco.

Después hay que leer atentamente el archivo LeemePrimero.txt que advierte sobre algunas configuraciones de inicio.
En esencia las advertencias son las siguientes:

RStudio

Para ejecutar RStudio hay que hacerlo con el archivo "RStudio.bat".
Es posible que en la primera ejecución nos pida, mediante una ventana emergente, dónde se encuentra el camino al programa R. Elegiremos

Choose a specific version of R:

y buscaremos o escribiremos

X:\LaTeX_y_R-2.15.1\R-2.15.1

donde X es la letra de la unidad extraíble.

Si falta algún paquete de R se puede instalar desde RStudio.


Texmaker

Para ejecutar Texmaker también hay que hacerlo con su correspondiente "Texmaker.bat".
Para que funcione la instrucción "R Sweave" primero hay que configurarla. En el menú Opciones -> Configurar Texmaker -> Comandos hay que buscar la última instrucción y escribir

X:/LaTeX_y_R-2.15.1/R-2.15.1/bin/R.exe CMD Sweave %.Rnw

donde X es la letra de la unidad extraible. ¡Ojo con las barras!



Sweave.sty

Si al compilar un documento aparece el error:

LaTeX Error: File "Sweave.sty" not found.

haremos lo siguiente:

1. Ejecutar "X:\LaTeX_y_R-2.15.1\MiKTeX.bat" (cambiar X por la letra de la unidad)
2. Click con el botón derecho sobre el icono de MiKTeX que aparece en la barra de Windows a la derecha y seleccionar "MikTeX Options".
3. Ir a la pestaña "Roots" y modificar el path. Normalmente es suficiente cambiar la letra de la unidad.

Paquetes de TeX

Si nos falta algún paquete, se instalará automáticamente.
Si por algún motivo fallara la instalación, siempre podemos hacerlo nosotros:

1. Ejecutar "X:\LaTeX_y_R-2.15.1\MiKTeX.bat" (cambiar X por la letra de la unidad)
2. Click con el botón derecho sobre el icono de MiKTeX que aparece en la barra de Windows a la derecha y seleccionar "MikTeX Package Manager".
3. Ponemos el nombre en la celda "Name" y apretamos el botón "+" de instalación.

Enlaces

USBTeX: un entorno LaTeX portátil
Texmaker
Sumatra PDF
RStudio portable
Sweave manual
knitr